Mi Villano Favorito 2 tiene como protagonista a Gru, el mismo personaje de la película Mi Villano Favorito.
Gru solía ser el villano más grande del mundo, pero ahora ha renunciado al crimen y ha iniciado un negocio de mermelada junto al Doctor Nefario y los Minios, para dedicarse a ser un buen padre para sus hijas adoptivas Agnes, Margo y Edith.
Cuando Gru renuncia a su reputación como el villano más malvado, El Macho aparece para ganarse ese título. Es así que la Liga Anti Villanos (LAV) recurre a Gru para que los ayude a detener y capturar a éste nuevo villano. Aunque primero se niega, cuando su fiel compañero el Doctor Nefario lo abandona para trabajar con El Macho, Gru acepta la propuesta de la Liga Anti Villanos.
La Liga Anti Villanos le asigna como compañera a Lucy, una simpática, dulce e inteligente mujer, que no solo trabajará mano a mano con Gru, sino que también conquistará su corazón y acabará convirtiéndose en la nueva madre de Agnes, Margo y Edith.
Lucy y Gru no son los únicos que se enamoran en Mi Villano Favorito 2, Margo pasa por su primer enamoramiento, lamentablemente, el chico es Antonio, el hijo del malvado villano El Macho.
